文献报道冬虫夏草(Cs)的成熟伴有化学成分的改变和中华被毛孢(Hs)的竞争性菌落形成能力的显著下降:Cs中存在蝙蝠蛾拟青霉(Ph)和冬虫夏草菌(Os)的三个突变基因型。本研究采用MassARRAY SNP MALDI-TOF质谱基因分型法、Southern印迹杂交法和PCR限制性酶切法,检测Cs中Os突变基因型以及这些突变基因型和Ph在冬虫夏草成熟过程中表达的变化。SNP质谱基因分型法在8个SNP位点上证实两个转换突变AT偏倚基因型与GC偏倚型同时存在于子座中,同时发现至少2个未知序列颠换突变基因型。这些突变基因型菌的表达在Cs成熟过程中出现复杂的动态变化。根据已知ITS序列EcoRI位点的点突变,应用EcoRI消化冬虫夏草子座和僵虫体基因组DNA,Southern杂交检验应用Ph或Hs特异性探针发现Cs的成熟伴有EcoRI敏感(GC偏倚型)和EcoRI抵抗(AT偏倚型)2组Os基因型和Ph的rDNA生物量的显著增加,以及它们在子座和僵虫体中差异表达。在未成熟Cs,AT偏倚型Os的生物量在僵虫体中极少,但在子座中占绝对优势;而GC偏倚型的表达则相反,其生物量在子座中极少,而在僵虫体中占绝对优势。随着Cs的成熟,对EcoRI敏感和抵抗的2组基因型的生物量在僵虫体中几乎相等;虽然GC偏倚基因型菌在子座中的表达逐渐增加,但其生物量远低于EcoRI抵抗突变基因型菌。PCR片段测序发现子座中部分GC偏倚型ITS片段序列出现5’和3’末端截短。随着Cs的成熟,截短和未截短2组GC偏倚型序列在子座中出现非同步的表达变化。在子座和僵虫体中,Ph与AT偏倚基因型菌形成同步表达变化模式。结论:Cs中存在至少6个Os突变基因型;Cs的成熟伴有Ph和Os的rDNA总生物量的显著增加,以及Ph和这些突变基因型Os菌差异表达的动态变化。这些菌差异表达的动态变化可能对Cs子座的萌生和成熟至关重要,对进一步研究Cs的无性世代与有形世代的连接以及与Cs成熟相关的疗效效价的变化提供了重要证据。