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本研究采用田间定位试验，在烤烟-水稻复种连作条件下，研究采用冬闲、稻草回田、冬种紫云英回田等三种养地方式，对烤烟根际土壤微生物功能多样性、土壤酶活性及其对烟草土壤化感自毒的调节作用的影响。结果表明，不同养地方式下烤烟根际土壤对受体烟草、莴苣均具有明显的抑制作用，以冬闲养地方式烤烟根际土壤自毒作用最强，其次是冬种紫云英，稻草回田的土壤自毒作用最小。不同养地方式，根际土壤微生物对糖类、氨基酸、脂肪酸、胺类、酚酸、羧酸衍生物的利用存在一定差异。冬闲最有利于以糖类、酚酸类物质为底物的微生物生长；稻草回田最有利于以胺类为底物的微生物生长；冬天种植紫云英回田最有利于以羧酸类、脂肪酸、氨基酸类物质的微生物生长。土壤微生物利用单一碳源的主成分分析结果表明，从31个因素中提取的与碳源利用相关的主成分1、主成分2能够解释变量方差的52.91％和47.09%。与主成分1相关的碳源有9个，主要碳源有羧酸、糖类、脂肪酸、氨基酸、胺类等。与主成分2相关的碳源有8个，主要为糖类、酚酸、脂肪酸、氨基酸。稻草回田的SIMPSON(J)指数、SHANNON(H)指数、SHANNON(H)均匀度指数、BRILLOUIN指数、McIntosh(Dmc)指数均高于冬闲和冬种紫云英，说明稻草回田最有利于改善烤烟根际土壤微生物多样性。在土壤酶活性方面，与土壤营养循环相关的酶，除了脲酶外，采用稻草回田、冬季种植紫云英回田的养地方式，土壤的蛋白酶、纤维素酶等酶活性均高于冬闲；与土壤质地改善相关的酶，冬闲和冬季种植紫云英养地方式多酚氧化酶、过氧化物酶、过氧化氢酶、脱氢酶等酶的活性均高于稻草回田养地方式，间接说明冬闲和冬季种植紫云英的养地方式土壤中含有较多的对生物体有毒害作用的物质，刺激了这类酶活性的提高。