目标：实证分析开展药品零差率对本市公立医院经济运行情况的影响。资料与方法：根据2011年卫生财务年报决算数据，对本市公立医院开展实施药品零差率销售后的定量测算。结果：实证研究表明，基于2011年次均药品加成水平，提出假设取消药品加成，通过提高诊查费来补偿，医院总体收入基本不变，但各级各类医院收入将产生不同影响，原药品加成收入较高的公立医院医药收入将有所损失，本市153家公立医院中有58家收入有不同程度的减少，主要是中医医疗机构、传染病医院、肿瘤医院等部分专科医院以及部分综合性医院。讨论及建议：单纯的药品加价率控制政策对药品费用的控制作用有限；建议要通过公立医院补偿机制改革系统工程，特别是完善医疗服务价格体系(如提高诊查费、手术费、床位费、护理费等)来解决药品零差率销售后的补偿问题，短期内需要财政和医保部门的支持；由于各类医院原药品加成补偿程度不同，建议先从综合性公立医院开始试点；同时还需考虑不同类型患者的解释和平衡问题。