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海洋自然保护区对于生态资源、生物多样性以及自然遗迹保存保护具有重要意义。海洋自然保护区建设和管理是保护和增进生态利益重要手段。生态利益具有不可分性、普惠性、易受损性等特点。海洋自然保护区立法必须立足自然保护区所具有之生态利益，以协调或衡平生态利益之间以及生态利益与经济利益之间冲突为核心，立法指导思想为：在考虑自然生态规律和现实社会与区域综合现状前提下，强调各组利益冲突中正当利益分配公平，兼顾利益最大化满足。自然保护区立法以公平为终极价值取向，通过利益权衡分配等途径达到维护、促进生态利益之立法目的，以体现生态规律、利益分配公平、因地制宜、保护合理性与完整性为立法基本原则。