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下一代测序技术的问世从根本上改变了基因组研究方法、促进了宏基因组的发展并且使研究者可以尝试新的实验技术。宏基因组这种研究微生物生态学必不可少的工具也很快的进入到病毒学研究领域,在感染性疾病特别是病毒性疾病方面,病毒宏基因组已经成功用于病毒的鉴定和发现、病毒的群体特征研究、病毒的全基因组测序、病毒多样性的检测、抗病毒药物突变检测,血液制品中病毒筛选和病毒动力学研究。