目前在化感作用的研究领域中，有关植物与微生物之间的化感作用研究的报道较少。植物与微生物之间的化感作用物质主要通过四个途径产生：一、根系分泌物中产生的很大一部分次级代谢产物是化感物质。二、植物体内由茎叶等部位产生的挥发性化学物质能够抑制某些植物的种子发芽。三、植物地上部受雨、雾淋洗的化学物质对某些植物的生长具有抑制作用。四、微生物分解植物残体释放到土壤里的一部分化学物质也是化感物质。
　　因此，植物与微生物之间的化感作用分两个方面。一方面是植物体产生的化感物质包括根系分泌物等化学物质对植物病原菌具有抑制作用，还有一些化感物质可以诱导植物产生对病原菌的抗性。另一方面，微生物也可以通过产生一些化感物质，抑制非寄主植物的生长而提高寄主植物的竞争能力。
　　利用化感作用原理指导植物病害控制的应用越来越广泛。通过了解各种栽培植物之间的化感抑制或促进作用，可以合理安排农业布局，避免化感作用的有害影响，发挥其正面作用。利用化感物质这一类对环境污染小、易降解的物质开发生物杀菌剂，从而产生新一代高效、低毒的农药。另外，利用植物产生的化感物质抑制病虫草害的原理可以培育出抗病新品种。
　　化感作用的研究工作涉及多个学科领域，包括植物学、生理学、生态学、天然产物化学、微生物学等多个领域。目前有关化感作用的研究深入程度还远远不够。随着对化感作用机理的深入了解，期望可以充分利用化学生态学及多学科的理论规律指导有害生物的可持续治理，实现农业的可持续发展。