【摘 要】
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作为国际小麦基因组测序计划的组成部分,构建了小麦7DL染色体臂的物理图谱.首先分离富集7DL染色体的基因组DNA并构建了BAC文库,共50,304个克隆,平均插入片段为115kb,大约
【机 构】
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旱区逆境生物学国家重点实验室,农学院,国家小麦改良中心杨凌分中心,西北农林科技大学,陕西杨凌712100
【出 处】
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第三届全国小麦基因组学及分子育种大会
论文部分内容阅读
作为国际小麦基因组测序计划的组成部分,构建了小麦7DL染色体臂的物理图谱.首先分离富集7DL染色体的基因组DNA并构建了BAC文库,共50,304个克隆,平均插入片段为115kb,大约覆盖了整条臂的15倍.对这些克隆进行了指纹印迹分析后,获得了45,452个高质量的指纹印迹结果,用于下游重叠群(Contig)的拼接.对获得的印迹结果,采用FPB软件去除载体的污染,然后利用FPC软件进行组装,共获得了1,614个重叠群和6893个单体.从这些contigs中挑选出最短路径克隆(Minimal Tilling Path,MTP)4,472个,总长约为373,819kb,大约覆盖了整个染色体的92％.进一步对MTP克隆的BAC末段测序,开发了多个SSR和ISBP标记,重叠群与遗传图的整合正在进行中.同时,利用Illumina Hi-Seq高通量测序平台对分离出的7DL染色体全基因组DNA进行了survey测序,3个run共获得了23.58Gb的数据,大约覆盖7DL67倍.从中组装了238Mb的序列,覆盖了7DL的基因编码区和低拷贝区域,鉴定出1,659个功能基因,其中62％与其他禾本科植物具有共线性关系.序列分析鉴定出了23,272个SSR位点,并对其中的40个用小麦遗传材料进行验证.对其它的序列元件如TE,miRNA前体和成熟miRNA也进行了分析.已获得的7DL物理图谱和survey序列在提供了研究小麦基因组结构与进化的有力工具外,也正在成为在这条染色体臂上精细定位及克隆关键基因的平台.
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