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RNA对基因的调控与RNA动力学有关。如配体与核糖开关单元结合会引起表达单元发生构象变化,从而调控基因表达或翻译过程,实验上发现一部分核糖开关依赖于转录速率和代谢物与之相结合的动力学,其对基因的调控由其转录速率、折叠速率、配体浓度及与配体结合的速率决定；RNAi分子和细胞中的蛋白组装成RISC,RISC在RNAi的引导下完成与特定靶目标RNA的识别和结合,达到抑制靶目标基因表达的效果,RNAi的有效性也与其和靶目标的结合动力学有关[1]。我们发展了RNA转录过程中折叠的动力学方法来预测RNA转录过程中结构的变化,用来研究RNA结构变化对基因的调控[2,3]；我们发展RNA与靶目标结合的动力学可用来预测siRNA的有效性及miRNA靶目标。