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引言猪瘟病毒（CSFV）是一种能引起猪的高热、出血,并最终死亡等特征的猪烈性传染性病毒,一旦爆发将会造成严重的经济损失。CSFV被世界动物卫生组织（OIE）列入必须申报的动物传染病目录,我国将其列为一类动物传染病,并被纳入国家强制免疫计划。1954年,我国成功研制出猪瘟兔化弱毒疫苗（HCLV）C株,并获得广泛使用,此后CSF的爆发和流行得到有效控制。然而2014年下半年至今,我国部分规模化养猪场猪瘟发病率明显增加,造成了较大的经济损失。本实验室通过对2014年8月至2015年6月期间全国各地的送检样品中进行CSFV病原检测、病毒分离和测序以及病毒遗传变异分析等,研究CSFV的分子流行病学情况,为CSF的防控提供依据。材料和方法参照GenBank中登陆的CSFV全长序列,应用Oligo6.0设计针对E2全长的引物序列,之后用所测序列的E2基因BLAST,根据相似性最高的毒株zi0801（登录号:FJ529205）设计全长扩增引物。将PCR产物克隆至PMD-18T,进行测序鉴定,应用DNAStar、MEGA5.1等生物学软件进行序列拼接、比对和遗传进化分析。结果与讨论2014年8月至2015年6月期间,本实验室共分离到来自山东、吉林、黑龙江、江苏和河北等省规模化养猪场的35株CSFVs,并对这些新分离株的E2全长和NS5B部分基因进行了测序。序列同源性分析表明,新分离株与之前的CSFV 2.1亚型毒株,特别是2.1b亚亚型毒株,相似性最高,达到93.7-98.1%。基于E2全长（1119nt）、E2部分（190nt）和NS5B部分（409nt）序列的遗传进化树分析表明,除了部分新分离株（7株）属于2.1b亚亚群外,其它新分离株（28株）可以形成一个相对独立的进化分支,命名为2.1d亚亚群。对新分离株E2蛋白的氨基酸序列分析表明,2.1d亚亚群毒株具有独特的分子特征,包括R31,K303,和A331等。JSZL猪瘟毒株（GenBank:KT119352）是本实验室分离的一株2.1d亚亚群毒株,全长12297bp,5’UTR和3’UTR分别为373bp和227bp,基因组中唯一的一个开放阅读框为11697bp,编码3898个氨基酸。JSZL基因组与1.1、1.2、2.1a、2.1b、2.1c、2.1d、2.2、2.3、3.2、3.4亚型的同源性分别为84.6-85.4%、85.2%、93.1-94.4%、94.6-96.5%、92.2-92.4%、96.6-97.4%、87.6-91.8%、88.8-89.9%、84.0%、83.2-83.5%。它与2.1亚型的同源性显著高于其他亚型,与2.1b的同源性高于2.1a和2.1c,然而,这类毒株自身的同源性更高。综合这些结果表明,2.1d亚亚群毒株的出现和流行可能是CSF大爆发的一个前兆,应该引起重点关注。