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为了安徽中医学院的整体发展规划要求，同时为促进教学科研的改革，2002年针灸经络研究所与原临床医学二系实现“系所合一”，优化组合，两块牌子一个机构。由胡玲教授兼任所长，实现了以教学带动科研，以科研促进教学。科研人员根据所承担的课题和自身的研究方向，重新组合成立四个研究室：腧穴主治规律研究室、针刺作用机理研究室、灸法作用机理研究室、经脉脏腑相关研究室。经过几年的建设和发展，形成以经脉脏腑相关、腧穴协同作用、针刺机理、灸法机理、针灸戒毒等稳定的研究方向和特色的研究团队，先后承担国家973子项目、国家重大基础研究前期研究专项、国家自然科学基金、国家中医药管理局基金、安徽省自然科学基金、安徽省重点科研项目及合肥市科技局基金等项目15项。