猪苓(Polyporus umbellatus Pers.：Fr.)菌核入药已有两千年的历史，随着猪苓药用范围和用量的扩大,猪苓的野生资源已日益匮乏，其中直接培养猪苓菌丝形成菌核成为了限制猪苓栽培业发展的瓶颈问题。为了研究猪苓菌丝形成菌核的分子机理和分离与猪苓菌核形成相关的基因,我们构建了猪苓菌丝形成菌核过程中基因表达差异的SSH文库。以实验室纯培养条件下未形成菌核的菌丝总RNA为Driver,纯培养条件下形成的新鲜菌核总RNA为Tester，运用SMART PCR cDNA合成技术分别合成全长cDNA,将两种cDNA群体进行抑制差减杂交,将获得的差减cDNA片段连接质粒载体pMDTM18-T，然后转化大肠杆菌DH5α，最后获得的差减文库舍1472个重组子。利用菌落PCR方法，筛选到1266个阳性克隆，插入片段范围为0.2～1.5kb，全部进行了序列测定与分析。获得1202个cleanESTS，经聚类、拼接，去除冗余序列，共获得746个unigene，其中含有222个contigs，524个singlets。571个一致序列可以在数据库中找到最佳匹配序列,其中具明确功能的有379个，192个与已知序列同源但功能未知，其余的175个没有注释信息。可以找到最佳匹配序列的表达基因在蛋白水平上大约有88.2％与高等真菌蛋白具有同源性。将功能已知基因分为九大类：细胞结构与生长4％、细胞分裂与染色体结构3％、代谢34％、转运13％、信号传导9％、RNA合成7％、蛋白合成13％、细胞防御7％、蛋白降解5％，功能未分类5％.其中一些参与细胞信号传导、转运功能的基因与已报道的高等真菌形态发育相关基因具有相似性,参与细胞防御的基因也与真菌逆境胁迫生长相关,具有深入研究价值,可望为猪苓菌丝形成菌核的机理研究提供理论基础。