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针对目前细菌耐药问题，采用基因组学、蛋白质组学和代谢组学技术方法，深入研究了革兰阴性菌抗生素耐药机制。在细菌抗菌药物耐药蛋白质组学的研究方面，采用组学研究思路结合基因缺失等功能研究方法，较系统深入地研究了革兰阴性菌基于膜通透性蛋白质和外排泵系统的固有性耐药组学机制，主要聚焦于细菌耐药相关蛋白质组的发现、对抗菌药物的应答组学特点和规律、新耐药组学机制的揭示、耐药菌控制新途径的探讨。同时，注重蛋白质-蛋白组相互作用组的研究，发现中心碳代谢蛋白质复合物在细菌抗生素耐药中起到非常主要的作用。研究结果从功能蛋白质组层面揭示了革兰阴性菌固有性耐药有关功蛋白质组学规律和新机制，并创建了抗体靶向新疗法。