国家审计作为国家治理的有效手段和重要组成部分应不断提高服务效率以满足民众对审计机关的期望和国家治理内在需要。然而,由于我国审计机关绩效评价相关理论研究和实践经验相对缺乏,尚未形成规范系统的审计机关效率评价体系,也缺乏科学有效的评价标准,致使现实中对审计机关工作效率评价难以有效开展。基于此,本文以2011-2013年18个审计署特派办、30个省级审计机关和351个地方市级审计机关为研究样本,手工搜集2012-2014年《审计年鉴》及各级审计机关官方网站披露的相关数据,在审计“免疫系统”理论指导下利用DEA评价模型分别从揭露功能、抵御功能、预防功能和综合免疫功能出发构建了投入产出评价指标体系以测度各级审计机关单项效率和综合免疫效率,并利用Malmquist指数分析了不同年度各级审计机关效率现状、区域分布及变化趋势。研究发现:首先,各级审计机关揭露效率、抵御效率、预防效率和免疫效率都存在改进空间,这与其内部管理、资源配置等引发的纯技术效率较低有关。其次,不同区域内各级审计机关发挥的免疫作用存在一定差异。中、西部地区审计机关揭露效率和预防效率高于东部地区,且增长趋势也呈现东慢西快,该结果可能是东部审计机关抵御功能“延迟效应”作用的结果。主要是因为东部地区审计机关对以前揭露问题的持续跟踪审计力度大,重视对发现问题的整改和处罚;而东、中部地区审计机关抵御效率和综合免疫效率均高于西部地区且呈现东快西慢的增长态势,该结果可能是因为东、中部地区审计机关抵御效率使得审计免疫系统作用提升,从前期的揭露问题到现在处理问题使得审计机关发挥的免疫功能进一步深化。最后,通过Malmquist指数分析可知,除了省级审计机关预防效率出现下降外,其他各级审计机关揭露效率、抵御效率、预防效率和免疫效率均呈现逐年递增趋势,且技术进步是各级审计机关效率增长的主要原因。