目的单基因眼遗传病基因众多,本研究拟应用靶向外显子测序技术,实现高效准确的眼遗传病临床基因检测。方法我们设计了三种靶向外显子测序芯片:芯片1包括涵盖已知眼遗传病986个基因。芯片2包含361个眼前段基因,芯片3包含386个眼底病基因,芯片2和3基因的基因突变非孤立。从已知突变样品库中,分别选取携带错意突变、缺失突变、插入突变、突变位于高GC或多重复序列区域的样品,在Miseq平台上进行不同深度的靶向测序。最后我们在41个先天性白内障患者样品中,对芯片2(眼前段基因)的检测效率进行评估。结果相同测序深度,突变位点的实际read数量靶向芯片成倍优于全外显子测序。但靶向芯片对高GC或多重复序列区域突变的识别较全外显子组测序差。比较60、125和200乘深度,覆盖深度低于20的区域随测序深度增加而减少。在100×深度下,82%(36/41)的先天性白内障患者检测潜在致病性变异,分布在26个基因中,其中白内障致病位点内的15个基因,在48%的患者中检出潜在致病性变异,该比例同文献报道相当。结论眼遗传病靶向外显子测序芯片是进行单基因眼遗传病基因突变检测的有效手段,但要获取可靠结论,需摸索和优化检测条件。