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目的：根据衣原体新的分类体系，通过分析比较16S/23S/16-23S rRNA基因序列。方法：对研究室分离的猪源HB1043株衣原体菌株进行分子遗传学鉴定，进一步证明该株衣原体确切的分类地位。结论：进化分析结果显示，虽然HB1043株与鹦鹉热嗜性衣原体和流产嗜性衣原体共一个节点，但并不共枝，因此，有关HB1043株的分类情况还应做进一步的研究。此外，研究显示，相比衣原体16S rRNA和23S rRNA的序列而言，16-23S rRNA这段序列种间特异性更强，针对此段高变区设计特异性的引物，能开发出衣原体种间鉴别PCR诊断方法。