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本研究以使用2年的微生物发酵床猪舍基质垫料为发酵原料，分别添加7种不同的生防菌菌剂:无致病力尖抱镰刀菌、淡紫拟青霉、无致病力铜绿假单胞菌、凝结芽抱杆菌LPF-I菌株、短短芽抱杆菌JK-2-GFP菌株、无致病力青枯雷尔氏菌和蜡状芽袍杆菌ANTI-8098A，进行垫料好氧发酵试验。在发酵的第2d、4d、8d、16d、32d，取固体发酵堆肥为材料，研究生防菌剂在养猪垫料中的生长特性;通过形态学观察、脚基因检测和16S rDAN分子鉴定检测接入的生防菌剂在垫料中的存活状况;利用磷脂脂肪酸(PLFAs)和常规培养相结合的方法研究了生防菌剂对养猪垫料微生物群落结构的影响;同时研究了生防菌剂对养猪垫料理化性质的影响;并研究生物肥药的发酵工艺。研究结果可为生物肥药的发酵工艺奠定理论基础，主要研究结果如下:接入生防菌后，堆肥温度明显上升，并且比对照的堆肥温度要高。其中接种蜡状芽抱杆菌ANTI-8098A菌株对堆肥的发酵温度影响最大，同时在添加蜡状芽抱杆菌ANTI-8098A菌剂后，生物肥料中速效氮的含量迅速降低。与对照相比较，pH值变化差异不明显。经形态学观察、gfp基因检测和16S rDAN分子鉴定表明，无致病力尖抱镰刀菌、无致病力铜绿假单胞菌、短短芽泡杆菌JK-2-GFP菌株、无致病力青枯雷尔氏菌和蜡状芽抱杆菌ANTI-8098A能够在养猪垫料中存活，其中短短芽抱杆菌JK-2-GFP菌株在垫料中生长最好，在发酵的第4d数量达到了6.23x107cfu/g。淡紫拟青霉是一株可以杀死植物线虫的生防菌。结果显示，它在不灭菌的不添加外来物质的养猪垫料中不能存活;而一旦在养猪垫料中添加速效碳源蔗糖，淡紫拟青霉生长迅速，并且可迅速达到微生物肥料的饱子含量标准lO8cfu/g。添加生防菌剂改变了生物肥料的微生物群落结构。养猪垫料中的微生物群落非常丰富。不同类型的微生物在养猪垫料中有不同的分布。接种生防菌后，生防菌对细菌和真菌的影响较大，而对放线菌的影响较小。添加不同菌剂的生物肥料中共检测52个磷脂脂肪酸生物标记，不同的磷脂脂肪酸生物标记在不同处理的生物肥料中分布差异显著，可分为两种类型:完全分布和不完全分布。