我国的发酵工业与人民的生活水平、食品安全、营养保健及医疗密切相关.2010年我国的发酵工业总产值达1850亿元，产品总产量达1683万吨，总发酵体积已达到1000万立方米，位居世界第一.但是，我国目前使用的微生物菌种总体技术水平如转化率、发酵速度、发酵浓度、三废排放等方面与日本、欧美发达国家有较大差距，一些工业菌株缺乏自主知识产权.通过对工业菌株的基因组进行测序分析，可以解析其高产抗逆机理，发现代谢调控瓶颈，帮助实现我国优良工业菌株资源的知识产权保护，促进生产菌株的进一步改造和升级，实现节能减排，大幅度提升国内生物产业的国际竞争力，形成良好的经济与社会效益.我们建立了一整套工业微生物基因组解析、比较和分析的方法，搭建了相关流程和软硬件平台；与国内著名研究机构和生产企业合作，从发酵工业一线收集了一系列具有不同生产性能的工业菌株，对有机酸、氨基酸、抗生素、生物高分子等国内大宗发酵领域50余个菌株进行了基因组测序分析，初步揭示了这些工业菌种高产抗逆的分子基础，取得重要知识产权点.这些成果为国内发酵工业产业升级和相关菌株分子改造工作提供了参考和崭新的思路，一些成果已经应用于工业菌株分子改造并获得成效，得到企业高度认可.同时也为开发新一代细胞工厂，开辟生物制造产业新领域奠定了良好的基础.