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海洋是地球表面最大的生物地理单元，包含最丰富的生态类型，包括热液、冷泉等不依赖于阳光的化能生态系统。近年来，基因组测序技术飞速发展，环境微生物基因组学数据呈现出指数增加的趋势，海洋环境基因组学的研究也取得了许多"里程碑"式的成果。基因组学技术的应用对海洋环境微生物研究，特别是深海环境微生物研究有着非常重要的意义。本文将主要对海洋环境微生物组学研究策略和进展进行总结和讨论，也将对生物信息学分析的发展和瓶颈进行探讨，对海洋环境微生物组学研究进行展望。