【摘 要】
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华山新麦草(Psathyrostachys huashanica Keng,2n=2x=14,NsNs)是禾本科(Poaceae)小麦族(Triticeae)大麦亚族新麦草属的一种多年生草本植物,生长在我国华山海拔450米至1800米
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华山新麦草(Psathyrostachys huashanica Keng,2n=2x=14,NsNs)是禾本科(Poaceae)小麦族(Triticeae)大麦亚族新麦草属的一种多年生草本植物,生长在我国华山海拔450米至1800米之间的中低山区石间路旁、墟缝中的残积土和峭壁的岩石空隙中。该物种为我国特有种质资源,是国家首批一类珍稀保护植物和急需保护的农作物野生新缘种。我们利用三代测序对其进行基因组测序研究,主要结果如下:测序过滤掉低质量和接头后的subreads平均长度8.3 Kb,总碱基量418 Gb;纯三代拼接得到6.07 Gb基因组序列,Contig N50约为916.4 Kb,利用Hi-C数据优化后得到6.11 Gb基因组序列,Conting N50约为958.8 Kb;CEGMA核心基因完整性,BUSCO评估及二代数据回比率表明,基因组组装的完整性较好;共有6.06 Gb的序列长度的基因组序列被定位到7条染色体上,占比99.26%;在定位到染色体上的序列中,能够确定顺序和方向的的序列长度为5.59Gb,占定位染色体序列总长度的92.3%;预测得到了4.68 Gb(76.63%)的重复序列,41,842个基因,97.80%的基因可以注释到NR等数据库中;预测得到1,842个tRNA,955个rRNA,4,877个miRNA,得到15,948个假基因;新麦草中存在449个特有的基因家族。系统进化分析表明,华山新麦草与小麦组物种具有较近的遗传关系。
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