现有的杂交水稻育种多数是利用分化程度较低的亚种内水稻品种作为杂交亲本,它们之间有限的杂种优势导致了杂种产量难以继续上升,从而形成了一个难以逾越的瓶颈。而利用具有超强杂种优势的籼-粳亚种水稻材料来进行育种,或许是打破杂交水稻产量瓶颈的一个潜在解决方案。但是籼-粳水稻材料间超强的生殖隔离往往会导致其杂种结实率过低,从而阻碍了亚种间杂种优势的有效利用。这是因为杂种F1极端底的结实率会导致产量的低下。为了研究籼-粳杂交亲本的遗传分化程度和其杂种结实率之间的相关性,我们发明了一个基于插入/缺失(InDel)分子标记来确定两个亲本间遗传分化系数(GDI)的方法。根据杂交亲本间的GDI,我们组配了103个双亲籼-粳分化程度各异的杂交组合,并测量了每个杂种F1的结实率以分析其与亲本GDI的相关性。通过在福州、武汉和鄂州3个独立的实验地点进行的田间实验,我们发现了籼-粳亲本材料的GDI和其杂种F1结实率呈负相关关系。这表明,在进行杂交实验之前,通过获知亲本材料的GDI便可以初步预测其组配成的杂种的结实率。基于InDel分子标记的GDI可以使得育种家在育种时挑选恰当的杂交亲本材料,以获得具有合适的杂种优势和结实率的杂交水稻的过程中更有策略性和目的性。