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建立了毛细管电泳—质谱联用（CE/MS）对多态和蛋白质高灵敏度的鉴定方法。对多态和蛋白质的胰蛋白酶酶解产物用CE/MS方法进行了肽质谱分析，几乎所有肽段的序列及其在分子中的位置都得到了确定。通过SEQUEST软件进行蛋白质序列数据库搜索可得到准确的鉴定结果。有点突变或修饰的蛋白质可结合对某些特殊肽段的单离子监测对其进行鉴定。所消耗的样品量均在皮可摩尔（picomole，10＜＇－12＞mol）水平，可适应重组蛋白质控和蛋白质组研究中对蛋白进行微量鉴定的要求。