微生物次级代谢产物是功能性化学品的重要来源，预计到2015年全球产值将超过1500亿美元。经过半个多世纪的研究和开发，传统陆地微生物刺激代谢物资源已经挖掘殆尽。探索和发现海洋等特殊生境中微生物产生的刺激代谢产物，是开发新型功能化学品的重要途径。利用基因组学、蛋白质组学和合成生物学等方法研究特殊生境微生物中的次级代谢产物合成基因簇，是进一步构建新结构次级代谢产物的方向。加快新结构、新用途次级代谢产物的发现，需要着眼于新机制新靶标的发掘、针对性高效评价技术的研究、微生物生产菌种基因改良技术、以及陆地和海洋新菌株种源库的建设。此外，规模化制备技术的落后也已成为限制产业发展的瓶颈，为了推进美丽中国的建设，必须全面升级刺激代谢产物规模生产的技术、工艺和设备，特别是在半合成抗生素生产中开发酶催化技术以代替化学合成技术，研发陶瓷膜和低压色谱为核心的工业化绿色集成分离技术和设备，完善生产中EHS体系和清洁生产技术，实现产业规模化、技术现代化和产品标准化，全面提高行业的经济和社会效益。