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本文提出了一种磁悬浮分子泵转子章动峰振动控制方法，该方法可以在磁悬浮分子泵整个工作频段内对转子的章动峰进行自适应控制。本方法中磁悬浮分子泵控制器根据转子振动频谱判断转子章动峰的幅值是否超过预设的稳定工作阈值。如果超过则采用章动峰抑制方法来抑制章动峰，从而实现了磁悬浮分子泵整个工作频段内转子章动峰的自适应控制。如果振动超过安全工作阈值，则关闭分子泵电机，保证系统安全。实验证明该方法对磁悬浮分子泵转子章动峰抑制效果良好，可以保证磁悬浮分子泵稳定运行。