5p15.33区域遗传变异与肺癌易感性的相关性研究

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第一部分5p15.33区域候选遗传变异与肺癌易感性的相关性研究研究目的:肺癌是由环境因素和遗传因素共同作用导致的复杂性疾病。全基因组关联研究(GWAS)发现5p15.33区域与肺癌发病风险显著相关。在5p15.33区域包含两个基因:端粒酶逆转录酶基因(TERT)和唇腭裂跨膜蛋白1样蛋白基因(CLPTM1L)。欧洲人群研究显示,5p15.33区域内rs7725218和rs7705526与肿瘤发病风险显著相关,目前还没有关于上述位点在中国肺癌人群中的研究报道。我们通过病例-对照研究探索上述位点与中国人群肺癌发病风险的相关性。研究对象和方法:我们收集了2014年到2016年1000例肺癌患者EDTA抗凝外周血样本,按照性别年龄匹配的原则收集了1000例健康人群作为对照。运用TaqMan基因分型技术检测候选位点基因型。采用SPSS16.0软件分析rs7725218和rs7705526位点与肺癌发病风险之间的相关性。结果:结果显示rs7725218和rs7705526与肺癌发病风险显著相关(p<0.05)。rs7725218的A等位基因可增加罹患肺癌的风险:与野生型GG相比,GA基因型的个体肺癌风险上升了39%(OR=1.39,95%CI=1.14-1.70;p=0.001),AA基因型的个体肺癌发病风险增加了55%(OR=1.55,95%CI=1.20-2.00;p=0.001);加性模型显示,每多携带一个A风险等位基因,肺癌风险可增加26%(OR=1.26,95%CI=1.12-1.43;p=2.474×10-4);显性模型((GA+AA)vs GG)与隐性模型(AA vs(GG+GA))也显示了类似的结果(显性模型:OR=1.43,95%CI=1.19-1.73;p=1.678×10-4;隐性模型:OR=1.28,95%CI=1.02-1.61;p=0.035)。rs7705526的A等位基因可增加罹患肺癌的风险:与野生型CC相比,CA基因型个体的肺癌风险上升了42%(OR=1.42,95%CI=1.16-1.74;p=0.001),AA基因型个体的肺癌发病风险增加了68%(OR=1.68,95%CI=1.30-2.18;p=7.430×10-5);加性模型显示,每增加一个A风险等位基因,患肺癌的风险可增加31%(OR=1.31,95%CI=1.20-1.50;p=2.464×10-5);显性模型和隐性模型也显示了类似的结果(显性模型:OR=1.50,95%CI=1.23-1.80;p=3.910×10-4;隐性模型:OR=1.36,95%CI=1.09-1.71;p=0.008。在遗传因素与吸烟的交互作用分析中,rs7725218和rs7705526与吸烟皆未见明显的交互作用(p>0.05)。结论:rs7725218和rs7705526多态性与中国人群的肺癌发病风险显著相关。第二部分肺癌患者5p15.33区域遗传变异与端粒长度相关性的初步研究研究目的:人染色体5p15.33区域包含两个基因:TERT和CLPTM1L。h TERT能够调控端粒酶活性进而影响端粒长度,多项研究显示,外周血白细胞端粒长度(LTL)与肿瘤发生风险相关。我们对400例新发肺癌患者5p15.33区域进行重测序,并检测其外周血白细胞端粒长度,初步探索该区域的遗传变异是否影响肺癌患者外周血端粒长度。研究对象和方法:我们收集了2014年到2016年400例新发肺癌患者EDTA抗凝外周血样本,利用ABI公司的PGM测序平台对400例肺癌患者染色体5p15.33区域进行重测序。采用Ion Report测序数据分析平台过滤分析测序数据。同时,利用荧光定量PCR技术测定了该400例样本的相对端粒长度。运用plink软件计算挑选出与相对端粒长度显著相关的候选位点。对挑选出来的候选位点,利用一代测序进行验证。结果:我们初步发现染色体5p15.33区域中5个SNP位点与肺癌患者端粒长度显著相关。分别是rs2853676、rs7712562、rs7449190、rs2735948和rs2736098。其中,rs2853676每增加一个T等位基因,相对端粒长度(T/S)缩短0.107(p=0.032),(CT+TT)基因型与CC基因型相比相对端粒长度缩短0.123(p=0.014)。rs7712562位点(AG+AA)基因型与GG基因型相比相对端粒长度缩短0.102(p=0.042)。rs7449190位点每增加一个T等位基因,相对端粒长度缩短0.115(p=0.022),(CT+TT)基因型与CC基因型相比相对,端粒长度缩短0.123(p=0.014)。rs2735948位点每增加一个A等位基因,相对端粒长度缩短0.134(p=0.007),(AG+AA)基因型与GG基因型相比,相对端粒长度缩短0.140(p=0.005)。rs2736098位点每增加一个T等位基因,相对端粒长度增长0.117(p=0.019),TT基因型与(CC+CT)基因型相比,相对端粒长度增长0.133(p=0.008)。分层分析发现,rs2853676、rs7449190、rs2735948、rs2736098皆在晚期肺癌中与相对端粒长度显著相关(p<0.05)。功能预测发现rs2853676、rs7712562、rs7449190、rs2735948皆可能影响转录因子结合位点。rs2736098位点变异可能引起外显子剪接增强子(Exonic Splicing Enhancer,ESE)的改变。结论:5p15.33区域遗传多态性与端粒长度显著相关。
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