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目的：对浙江省内分离到的个41个临床菌株进行CDT基因的扩增，对这些菌株的CDT三个亚基的基因序列进行测定，并进行进化树分析。方法：将扩增的三个亚基PCR产物克隆至pMD 18-T载体中，进行基因序列测定。结果：cdtA基因在各菌株中最保守，同源性≥97.8%； cdtA氨基酸序列同源性≥97.4。cdtB基因序列在副猪嗜血杆菌不同分离株中差异最大，同源性≥87.6%；氨基酸序列同源性≥92.1 %。cdtC基因同源性≥93.8%；氨基酸同源性≥92.1%。结论：副猪嗜血杆曲携带有CDT三个亚基的完整阅读框，且所有副猪嗜血杆菌菌株中都可以检测到CDT基因。其中cdtA基因序列在菌株间最保守，cdtB基因差异最大，为研究副猪嗜血杆菌CDT生物学活性提供了新的信息。