以79个杂交棉品种为材料，采用分子标记技术，从大量的SSR引物中筛选多态性好、适用性强的核心引物，并利用核心引物对杂交棉品种进行了真实性、纯度鉴定，同时对相关的统计方法进行研究，获得的主要结果如下：对来自Cotton MicrosatelliteDatabase(http：／／www.cottonssr.org)网站上公布的2300对SSR引物通过PCR扩增，经初筛和复选，最终获得扩增条带清晰、重复性好且分辨能力强的56对引物为核心引物。利用56对SSR引物对生产上推广的37个杂交棉品种进行多态性验证，共检测到95个多态性位点，变幅为1～3个，共检测到161个基因型，平均每个位点有1.69个，变幅为2～7个。随机抽出10对引物通过组合的方式可以将37个品种完全区分开。其中以华杂棉H318的亲本及F1、鄂杂10号F1、C111 F1混合DNA为模板进行纯度和真实性鉴定，10对核心引物在杂交种群体中具有普遍清晰稳定的多态性，完全可以满足杂交种纯度鉴定的要求。对37个品种的SSR分子标记进行LIPG-MA聚类，在相似系数为0.54时，20个长江流域杂交棉品种中有19个被划分到第一类，17个黄河流域品种中有11个被划分到第二类。研究提出了一种新的杂交种纯度统计方法，即个体假位点统计法。该方法与目前普遍应用的位点纯度平均值统计方法进行比较，结果差异不显著。理论上新型计算方法更准确，更好地揭示每个单株的遗传信息，对目前杂交棉的深入研究具有很好的生物学意义。