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自从20世纪90年代Bt棉在世界范围内的大规模种植，转基因作物的安全性问题引起了科学界和公众的普遍关注，转基因作物安全性评价随之也成为保障生物技术健康发展、制定生物安全法律法规、解答公众疑虑的重要研究领域。转基因生物安全性评价主要包括两个方面，第一是对人类健康的影响，第二是对生态环境的影响。这两个方面，化学生态学技术都可以发挥重要和关键性的作用。在转基因作物对人类健康影响方面，安全性评价主要遵循"实质等同原则"，也就是比较转基因作物的营养成分、关键次生物质等是否和非转基因亲本相同。在这方面，化学生态学中常用的气相色谱、气质联用、液相色谱等化学分析技术就可以用来定性和定量比较分析作物中的化学成分。