长期以来，青藏高原人群的起源和演化历史，在人类学、考古学、语言学和进化生物学等许多领域都存在较大的争议.一些关键问题引起了广泛的思考、讨论和研究，但都没有定论.如(1)高原人群到底是什么人？与亚洲乃至全球其他人群有何亲缘关系？(2)人类何时进驻青藏高原？(3)最初进入青藏高原的是什么人？(4)早期人类是否都已灭绝？还是有基因传承？与现存藏族人群有何联系？(5)人类进入青藏高原的征程究竟是怎样一种曲折的历程？我们从遗传学的角度，基于藏族人和夏尔巴人全基因组测序数据、参考全球200 多个现代人群以及几个已灭绝的远古人类的遗传信息、运用和发展新的计算分析方法(ArchaicSeeker)，解析了青藏高原人群的遗传背景，重构了高原人群的祖先起源、基因交流和和演化历史.以藏族和夏尔巴为代表的青藏高原人群的遗传构成极其复杂，是高度遗传混合的族群.现存高原人群的基因组中可以鉴定出约90％左右的现代智人谱系(Homo sapiens sapiens)和6％左右的古人类谱系(Archaic Hominoid)；其中现代智人谱系不同程度地源于多个已分化的人群，包括东亚、中亚和西伯利亚、南亚，以及西亚和大洋洲人群等；而古人类谱系的来源也很复杂，其中一些基因片段可能来源于阿尔泰尼安德特人(约1％)和丹尼索瓦人(约0.4％)或其近缘族群，而另一些基因片段可能源于一些不同于尼安德特人和丹尼索瓦人的其他早期智人或者甚至远古人类.在所研究的200 多个全球现存人群中，东亚人群普遍比其他人群与青藏高原人群在遗传更近；与藏族和夏尔巴遗传上最近缘的族群是同处高原的土族、彝族和纳西族；而平原人群中，汉族是与藏族遗传最近的族群，两者共享的东亚遗传组分超过其遗传总体组成的80％；相应地，两个族群的祖先群体分化的时间大约是在9000—15000 年前，这个时间似乎早于通常认为的东亚农业文明时间，但是从遗传学数据上看，汉族祖先群体从此期间开始发生显著的群体扩张，而高原人群却没有类似的迹象.早期进入青藏高原的人类不是一个单一的族群，甚至不是一个物种.他们最初也许不是青藏高原的永久性居民，很可能是一些采摘狩猎族群(Hunter-gatherer)，只是到一定季节才到高原上采集或猎取食物.这些人类族群包括旧石器时代的现代智人——在遗传上与已灭绝的古西伯利亚现代智人有近缘关系，也有早期智人——可能有多个支系，包括考古学已经发现的阿尔泰尼安德特人和丹尼索瓦人，以及其他未知古人类.并且这些早期进入青藏高原的人类族群间发生了广泛的基因交流，形成了一个包含现代智人和早期智人多个谱系的遗传构成极其复杂的混合人群——SUNDer.这个SUNDer 的遗传构成不仅包括考古学已经发现的阿尔泰尼安德特人和丹尼索瓦人，而且包含其他未知古人类和早期进入青藏高原现代智人以及早期智人等多个谱系.进一步提出一个两波“混合之混合”模型，初步勾画出人类开拓青藏高原漫长征程的一个总体轮廓.