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近场存储技术是近年来最具发展潜力的信息存储技术之一，微飞行头与存储介质问的飞行高度测试成为高密度存储的关键。本文采用双波长多步法对飞高测试进行数学建模，利用遗传算法实现飞高测试的非线性光学方程组求解。同时，对复折射率的同步标定减小了复折射率依靠独立测量时所产生的测量误差。结果表明，工作状态下近场飞高检测值为67nm，飞高波动小于3nm，该测试方法能够满足气浮飞行头纳米尺度飞高的测量要求。