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多学科交叉是研究单一学科难以解决的复杂问题，获得原创性科技成果的有效方法。为促进这一方法自身及其应用的发展，提高高校的科研竞争实力和科学研究水平，有必要对我国高校多学科交叉研究发展水平进行评价。本文围绕评价指标体系构建这一核心与基础问题，分析高校多学科交叉研究的主要特点，论述指标体系构建的基本原则和评价的主要内容，提山了一套由4个一级指标、11个二级指标和46个三级指标构成的评价指标体系，为高校在多学科交叉研究方面进行横向比较和自我评价提供参考。