2020年初,新冠疫情爆发,给原计划在2020年中完成的第五次国民体质监测带来了前所未有的挑战,首先是疫情的原因只能通过网络视频会议的形式对全国的监测人员进行在线培训和实际操作指导,虽然通过线上直播方式对学员进行了考核,至于学习效果要到实际测试中去检验。第五次国民体质监测人群从原来的20-69岁增加到了79岁,这是20年来国民体质监测的一个飞跃,但是在2020年的特殊疫情发生时期,能找到条件符合测试标准的受试者成了各省测试队的一个新的难题。2020年对沿用了20年的国民体质监测指标进行了新的优化和更改,随之而来的监测器材和监测方法也同时相应的做出了改变,指标、器材、方法的改变需要在培训测试人员过程中重新考核、重新操练。由于疫情影响,测试需要安排在开阔的场地中进行,进入测试点之前要测量体温、核查行程码、健康码、提示佩戴口罩、消毒等等程序,同时加入了测试点GPS定位系统,要求在采样测试点的1公里范围内进行测试,从建卡、测试、读卡到测试完成直接上传数据,GPS点定位不准一律不得上传到国家大数据库,数据在测试完成即时上传,不能修改,这就最大程度保证了采样人群的地理属性和测试数据的真实性。为了保证测试的顺利进行,在测试前必须检查好各项测试器材的正常运行、受试者的有效组织（包括性别、年龄段等）、测试点是否具有无线上网功能、测试过程中的准备有效的测试者、测试结束的各项目的核查备查等等。第五次国民体质监测登录书只记录问卷数据,测试结束后必须与指标数据进行整合后才能应用。测试项目的改变使得沿用了20年的国民体质监测评分标准的失效,因此在本次测试结束后,各省市需要等待国家有关专家对2020年国民体质监测评分标准进行重新制定后才能做出本地区的合格率等相应数据的评定并上报给政府有关部门。由于测试项目的改变,使得原有的部分历年监测数据不能再与本次体质监测的数据进行队列研究,这对于研究了20年的国民体质监测数据的科研工作者来说是有一定的遗憾的,但是改革是为了整个研究更科学更为合理,因此第五次国民体质监测的数据采用什么样的方式方法进行研究是摆在大家面前的一个新的课题。