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目的：比较STR和SNP对3个1号染色体替换系的分型结果，并为每个替换系选择合适的基因分型方法。方法：采用20个SNP和10个STR位点分别对3个1号染色体替换系N2代各40个样本进行分型。结果：采用20个SNP位点，从C3H/He替换系中筛选到6个样本，从FVB/N替换系中筛选到9个样本，从AKR替换系中筛选到4个样本。采用10个STR位点，从C3H/He替换系中筛选到6个样本，从FVB/N替换系中筛选到10个样本，从AKR替换系中筛选到6个样本。结论：在本研究中，根据每个品系基因组背景不同，选择不同的分型方法。可选择三组多重STR方案作为C3H/He替换系的基因分型方法，三组多重SNP方案作为FVB/N和AKR替换系的基因分型方法。