真菌在自然界的分布范围极其广泛而且生活方式多种多样,寄主涉及植物、动物。测序技术的快速发展促进了真菌基因组学的研究。真菌基因组较其他真核生物基因组具有基因组小、结构简单、杂合性低的特点,因此在研究中便于高通量测序,同时也是敲除、超表达等遗传改造技术的模式生物。通过基因组测序可以获得进化过程中与真菌次级代谢合成相关的重要基因、蛋白质家族等,进而为真菌的形态差异、环境适应性等提供遗传依据。虫生真菌、植物病原菌等都是与寄主相互作用的真菌,但是不同真菌的寄主范围不同、致病力也存在显著差异。本文就虫生真菌绿僵菌、白僵菌、虫草、座壳孢等基因组和比较基因组进行简要综述,便于在基因组学的层面上研究虫生真菌物种内或物种间的进化方向,包括营养类型、寄主范围的改变,寄主迁移、侵染机制以及免疫机制的适应性改变,增加对其进化方面的认识,为其更好应用提供科学依据。