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自2010年12月以来，广西乃至全国大部分地区的养猪场仔猪发生了腹泻，发病率和死亡率高，对养猪场造成了巨大的经济损失。本研究通过RT—PCR方法对2011年间广西7个城市的养猪场采集的临床疑似病毒性腹泻病料开展了传染性胃肠炎病毒(TGEV)、流行性腹泻病毒(PEDV)、轮状病毒(PRV)三种腹泻病毒的检测，结果TGEV均为阴性，PEDV、PRV的阳性率分别为32％、5％，表明PEDV为仔猪腹泻的主要致病因子，其次也有部分是PEDV与PRV混合感染。另外对所扩增的PEDV基因进行分子流行病学调查，它们与欧洲疫苗代表株之间的同源性为92.5％-98.2％，推导的氨基酸序列同源性为82.0％-95.7％，同源性不是很高，说明本地流行毒株与欧洲疫苗株关系不大，可为广西仔猪腹泻病毒病原的防控提供一些参考。