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采用三维显式有限差分数值模拟研究了上海软土地区某下穿城市高架桥梁并紧邻其下部桩基的地铁车站深基坑的变形及其对桥梁桩基的影响。基于FLAC3D建立考虑土体、基坑围护结构及桥梁桩基相互作用的三维整体计算模型，采用修正剑桥模型描述土体的变形特性，并根据实际施工工况划分不同的计算模拟步骤。基坑围护结构侧向变形计算值与现场实测值基本吻合，表明采用三维数值模型预测现场无法实施监测的承台下部桩基的变形是可行的。参数分析及现场实测数据与上海软土地区其他地铁车站深基坑实测数据的对比表明，本工程所采用的基坑支护结构方案调整、坑内地基加固及局部中板逆作等技术措施，不但有效控制基坑自身的变形，也有效保护桥梁桩基及上部结构的安全。