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为了调查崇明白山羊遗传资源现状,应用ISSR分子标记技术对崇明白山羊3个群体(另以徐淮山羊为外群)进行遗传多样性和遗传关系分析.从80个随机引物中筛选出12条引物,对127个个体进行扩增,共扩增出147条谱带,其中多态性谱带67条.分析结果显示：(1)崇明白山羊遗传多样性较为丰富.在物种水平上,平均多态位点百分率PPB=42.18％,有效等位基因数Ne=1.2295,Neis基因多样度h=0.1373,Shannons信息指数Ho=0.2085；在居群水平上,PPB=38.55％,Ne=1.2207,h=0.1306,Ho=0.1946.(2)崇明白山羊两两居群间的Neis无偏差遗传一致度(I)范围为0.9894-0.9932,Neis无偏差遗传距离(D)范围为0.0068-0.0106,表明崇明白山羊各居群间遗传变异较小,遗传稳定性较高.(3) UPGMA聚类分析显示,崇明白山羊3个群体间亲缘关系较近,并优先聚为一大支,然后再与外群徐淮山羊相聚.