草莓转录组中特异表达基因密码子的使用偏好性分析能够为基因异源表达提供参考，为了探究红蓝光处理对其影响，以本实验室前期红蓝光处理后的草莓转录组数据为原始实验数据，以白光处理的草莓转录组数据为原始对照数据，利用perl语言及测序结果中的FPKM值(Fragments per kb per million fragments)对转录组数据进行筛选，通过EMBOSS及Mobyle在线程序对筛选得到的特异表达基因进行密码子偏好性分析。结果 表明，蓝光处理后的特异表达基因有114条，是红光处理的两倍；从GC含量结合GC3s含量来看，红光和蓝光处理中的特异表达基因各自均有91％偏好使用以A/T结尾的密码子；最优密码子中，蓝光特异基因偏好以A/T结尾的最优密码子所占的比例比红光特异基因多32％；密码子使用频率比较结果发现，大肠杆菌表达系统更适合用于两种处理特异表达基因的异源表达实验，小麦更适合作为两种处理特异表达基因的转基因受体。