真核生物基因组除了转录产生编码蛋白质的mRNA外,还产生大量的非编码RNA,其中长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)一般指转录本长度大于200个核苷酸的非编码RNA。近年来,越来越多的证据表明lncRNA可参与诸多生物学过程,其中包括染色质重塑、转录水平的基因调控、转录后水平的基因调控和亚细胞结构的形成等。植物中,已有少数关于lncRNA功能的研究,但尚缺乏对植物lncRNA的系统鉴定和分析。我们结合转录组高通量测序和生物信息学技术,对拟南芥中的lncRNA进行了系统鉴定和研究。我们以幼苗期和开花期的拟南芥为研究材料,分离了细胞核与细胞质,并进一步纯化有poly(A)和没有poly(A)的RNA,构建cDNA文库后进行高通量测序。我们建立了一个基于高通量测序数据的生物信息学方法,严格定义lncRNA。我们保守地定义了1353个lncRNA。在这些lncRNA中,390个lncRNA具有poly(A),316个poly(A)在细胞核中富集。分析表明,与mRNA相比,lncRNA具有更低的表达量、更短的转录本长度、更少的内含子和更少的剪接异构体。部分lncRNA有明显的组织表达特异性。进一步研究发现,约10%的lncRNA可以和组蛋白修饰复合体PRC2相互作用,其中一些lncRNA可以通过PRC2复合体抑制临近基因的表达。该研究鉴定得到大量的lncRNA,为我们继续研究植物lncRNA的功能和进化奠定了基础。