中医眼科临床离不开中医基础理论的指导，《内经》全面地阐述了中医理论，提出了辨证施治的法则，历代医学著述多是在这一理论基础上发展起来的，它对中医临床各科一直起着指导作用。《内经》理论对眼科起着重要的指导作用。①病因方面，眼科疾病的发生包括内外两种因素，内因是情志变动以及饮食劳倦所伤，外因多由六淫侵袭及疫疠邪毒所致。六淫中风湿热三邪致病最为常见。②病机方面，眼与五脏六腑皆有关联，如果脏腑功能失调，精气不能充足流畅地上注于目，就会影响眼的功能，甚至于发生眼病。五脏六腑病变亦可从眼部表现出来，气血等异常，亦可致目疾发生。③辩证方面，包括病因辨证、脏腑辨证及与其他临床各科相比，还有眼科独特的辨证方法，即五轮辨证。④治疗方面：辩证施治运用《内经》中辨证施治的治则治疗眼疾，收到较好疗效。①治病求本。如金疳，症状虽然表现在眼部，其病变之本在肺。乃肺的功能异常而致，故治以肺为本②上病下取法。天行赤眼中肺胃积热证，治宜通腑泻热，解毒散邪，③辨证求因。同一症状，但引起的病因可以不相同，找出病因，然后施治。如目痛，可由外因而致，热外袭目窍，治拟祛风清热，方选银翘散；或内因肝胆火炽，肝火上炎目窍，治拟清肝泻火，方选龙胆泻肝汤加减；或不内外因。外伤所致瘀血性目痛，治拟活血化瘀，佐以祛风，方选除风益损汤加减。《内经》是总结古代医家与疾病作斗争的经验而写成的，它的理论是临床实践的总结。中医眼科许多理论源于《内经》，它对眼科临床一直有重要指导作用。