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合作创新已成为推动企业、城市和区域创新发展的重要手段之一。与一般制造业企业相比，高新技术企业在合作创新对象的选择上更具有灵活性。本文以南京市高新技术企业为例，以合作申请发明专利数量为衡量指标，发现高新技术企业的合作创新既可以存在于母公司与子公司之间，也可以产生于同一行业内的不同企业之间，同样也可以形成于企业、高校与科研院所之间，即通常所谓的产学研合作创新。