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宏基因组学是以特定环境中全部微生物的遗传信息为研究对象，结合功能基因筛选及序列分析等手段，探讨微生物的功能活性、多样性、种群结构及其与环境之间的关系，其优势是避开了微生物的培养问题，极大地拓宽了微生物资源的开发与利用空间，已成为研究难培养微生物，发掘未知功能菌、新的功能基因和生物活性物质的重要途径，在食品工业中有广阔的应用前景。本文综述了宏基因组学技术在发酵食品微生物研究领域中的应用进展，并展望其今后的发展趋势。