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评价区域自主创新的绩效,对于改善创新管理、进一步提高创新系统的效率具有重要意义。以技术创新的链式模式和创新活动过程的阶段性特征为基础,提出评价区域自主创新绩效的方法和概念模型,并以福建省1995—2006年区域自主创新状况的数据为例,应用DEA方法,对创新过程中的知识创新、技术开发、设计制造、市场实现各环节的绩效进行评价和分析,指出创新系统存在的问题和原因,探讨提高区域自主创新绩效的改进方向和措施。