草莓(Fragaria ananasa Duch.)具有非常高的经济价值,为我国传统的优秀果品之一。草莓炭疽病由半活体营养型真菌胶孢炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)引起,是我国乃至世界草莓生产上最重要的真菌病害之一,近年来的发生危害有上升趋势。揭示植物与植物病原微生物之间相互作用过程,了解病原微生物致病的分子机制,是提高植物的抗病性和控制植物病害的长期有效的途径。本研究利用High-Seq2000测序平台,对C.gloeosporioides菌丝及其侵染草莓叶片后三个不同时期样品的转录组进行了分析。采用FPKM法计算各基因在不同样本中的差异表达情况,共分析获得差异表达基因4766个。对C.gloeosporioides侵染后3个不同时期之间差异表达基因进行交集和并集分析,结果发现三个时期连续性表达的基因有2 791个,而特异性表达的基因分别为771个,986个和785个。对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集,分析结果表明在C.gloeosporioides侵染过程中,碳水化合物代谢、抗氧化通路及水解酶基因等明显富集;PHI(Pathogen-Host Interaction database)注释共得到962个致病相关基因,其中增强致病力的基因8个,致死相关基因71个,丧失致病力基因91个,降低致病力基因342个。运用生物信息学工具对效应子进行了预测,共获得337个候选效应子基因。本研究结果可为深入了解草莓和胶孢炭疽菌共进化的机制,培育广谱、持久抗病的新品种,提供理论基础和技术支持。