在严格防止抗生素滥用的今天，微生态制剂在水产养殖中的应用日益广泛，无论学术界、产业部门还是国家行政机关，都十分重视微生态科学技术的发展。在这一背景下，拮抗芽孢杆菌制剂孕育着良好的发展前景。目前我国拮抗芽孢杆菌研究在菌种选育、发酵工艺、应用效果评价等方面得到了突飞猛进的发展，其在水产养殖中的应用优势也得到了证实，但在抗菌机理、安全性等方面尚处在初级探索阶段，距离实际生产还有很长的路要走。因此，针对现有微生态制剂在实际应用中普遍存在的菌种易变异、保存期短、效果不稳定等难题，应当借鉴人和畜禽益生菌研究的新技术与新成果，开拓思路，加强以下几个方面的基础与应用研究：高效、抗逆性强的拮抗芽孢杆菌菌种的选育与菌种简易、长期、高效保藏方法的建立；拮抗芽孢杆菌菌种的安全性及其评价体系的建立和完善；拮抗芽孢杆菌抗菌机理研究，如抗菌功能基因检测、抗菌物质及相关抗菌蛋白鉴定；拮抗芽孢杆菌制剂的生产、加工工艺的优化；针对养殖动物品种、规格以及养殖环境等方面的差异性，分别确定拮抗芽孢杆菌制剂的用量，建立针对性强的拮抗芽孢杆菌制剂安全使用技术。只有这样，才能使拮抗芽孢杆菌这类产品更早地应用于生产实际，更好地为水产养殖业服务。