海南孔雀雉隶属于鸡形目雉科孔雀雉属,是我国的特有种类,仅分布于海南省。由于缺少翔实的分类证据,它的准确分类地位,即:是灰孔雀雉的一个亚种还是独立的物种,目前仍有争议。一些学者认为中国的孔雀雉只有灰孔雀雉(Polyplectron bicalcaratum)1种,下辖2个亚种,即指名亚种(Polyplectron b. bicalcaratum)和海南亚种(Polyplectron b. katsumatae)。其中指名亚种见于云南省西部、西南部西双版纳等地;而海南亚种为中国海南岛的特有亚种。另外一些学者认为,中国的孔雀雉有两种,即灰孔雀雉和海南孔雀雉(Polyplectron katsumatae)。由于采样困难,对于海南孔雀雉的分类地位,即是一个亚种还是一个独立种,尚未进行探讨。本研究通过分析线粒体细胞色素b基因全序列和细胞核的内元片段来界定海南孔雀雉的分类地位。结果显示:海南孔雀雉和灰孔雀雉构成相互独立的系统发育枝并有相当大的遗传距离,达到了成种的尺度,分子证据显示海南孔雀雉应为独立的物种:结合分子钟,推测海南孔雀雉和灰孔雀雉的分化年代大约为1.4±0.3百万年前。野外数量调查发现,该物种从1990年的大约2700只迅速下降到2000年的300只左右。鉴于海南孔雀雉目前野外种群数量极低且仍有下降趋势,我们建议尽快将物种列为IUCN的濒危物种加以保护。本研究从分子角度确认了海南孔雀雉的独立物种地位,希望将来能从宏观形态方面来开展进一步的研究工作。