ScreeningofkeygenesassociatedwithcontusedratspinalcordwithDNAmi croarray

来源 :第二届海峡两岸医药卫生交流协会骨科学术论坛暨四川省医学会第十八次骨科学术会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hnzxjl
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  OBJECTIVES:Toidentifykeygenesandnovelpotentialtherapeutictargetsforcontusedspincordinjurythro ughanalyzingmicroarraydata.MATERIALSANDMETHODS :Geneexpres-siondatasetGSE2599wasdownloadedfromGeneExpressionOmnibus,i ncluding3ratspinalcordinjury(SCI)samplesand3healthycontrols.Datapre-treatmentanddifferentialanalyseswereperf ormedwithpackagesofR.Clusteranalysiswasdonewithgeneexpressionvaluestoglobal-lypresentthedifferencebetween thetwostates.FunctionalenrichmentanalysiswasperformedforalltheDEGswithDAVIDtools.Themostup-anddown-re gulatedgeneswerepickedoutandtheirinteractorswerepredictedwithString.Path-wayenrichmentanalysiswasdonewith GENECODIS forallthegenesinthenetwork.RESULTS:Atotalof227DEGswerescreenedout, 132up-regulatedgenesand 145down-regu-latedgenes.Responsetow ounding,responsetoorganicsubstanceanddefenseresponsewasthetop3 significantfunctionalterms.APOBEC 1 wasthe mostup-regulatedgenewhileHPDwasthemostdown-regulatedone.Theirinteractorswereobtainedandnetworkwascon structed.Pathwayenrichmentanalysisrevealedthattyro-sinemetabolismandothermetabolismTelatedpathwaysweresi gnificantlyover-represented.CONCLUSIONS:ArangeofDEGswerere-vealedinpresentstudy,whichcoulddeepentheunderstandingsaboutthemech ani smsofS Ciandgidefutureresearchesontreatmentdevelopment.
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