近年来，由于淀山湖入湖河流和环湖污水排放，淀山湖水质严重富营养化，夏季高温季节蓝藻水华时有发生。基于最近开展的、比较系统的大规模水文、水质、生物同步监测和底质氮磷营养盐释放通量实验，进行入湖氮磷营养盐通量计算分析。通过建立淀山湖水动力—生态动力学耦合模型，利用同步实测和历史资料进行水动力模型和生态动力学模型的率定验证，模拟典型风场作用下的淀山湖三维流场特征；利用生态动力学模型系统研究淀山湖氮磷营养盐和藻类的时空变化和演替规律，初步掌握淀山湖的富营养化过程；综合评价了污染负荷削减、水力调度等措施对控制淀山湖富营养化的作用，明确磷是淀山湖藻类生长的关键营养盐限制因子。模型预测结果表明，磷负荷削减50％以上才能使淀山湖夏季蓝藻生物量开始下降；削减90％以上的营养盐负荷才能有效抑制蓝藻水华；水体停留时间的长短是藻类是否过度繁殖的重要条件，加大引水流量，减少淀山湖水体停留时间是有效控制蓝藻水华的重要途径；目前阶段，与控制营养盐负荷(50％)相比，增大引水流量可以更有效地降低蓝藻暴发时的生物量。