中国土地管理的深层次问题是由转型发展期的特殊性和复杂性所产生的，主要表现在政府的管理职能和经济职能的胶着和对立；法律法规制定主体与执行主体的利益冲突；地方政府事实上作为第一序位的“开发商”，与坚守18亿亩耕地红线的深刻矛盾；试图保持实体性的土地公有制，与社会进步所必需的土地他物权制度体系是难以协调的；作为一个部门的土地政策，难以抗衡地方政府多部门和多主体的“利益联盟”；渐进式改革已经形成庞大的土地既得利益群体，新的土地利益格局调整必然面临巨大的阻力。形成这些深层次问题的系统成因可以归纳为计划管理主导模式、政府抓经济、决策中心化三方面的必须放弃但又不具备断然放弃条件的胶着和对立。从土地管理系统内部角度分析，深层次问题治理路径的总体思路是改革现行的土地利用规划模式和重构土地产权制度。具体路径可从建立城市发展边界的“经济屏障”、调整土地节约集约利用指标体系和管理模式、建立大比例尺耕地保护信息系统、改革征地模式、建立和完善土地他物权制度、使规划模式能更适应市场经济需要等各个环节入手。