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目前功能核磁共振运用于针灸临床的研究多集中在精神科(如焦虑症、抑郁症、创伤后应急障碍、幽闭恐怖症等疾病)及神经内科(阿尔茨海默病、偏头痛、周围性面瘫、脑萎缩、帕金森病、脑血管疾病及其后遗症)。但以即时的、局部的、少许穴位为主的fMRI信号来观察这些疾病是不足的，这些疾病往往都需要长期的、系统的、进行针刺配伍的治疗，动态观察病灶的变化和fMRI的信号改变，方能证明针刺的临床疗效。因此FMR工技术运用于针刺研究的实验设计需要注意以下儿点:1、机体状态;2、穴位的选择3、疾病差异性的控制;4、样本量;5、针刺持续性效应的影响;6、针刺操作;7、言法和对照。