【摘 要】
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ClpP是细菌中关键的水解酶，负责维持细菌体内蛋白质的稳态，对维系细菌的致病力起着关键作用，因而成为一类新型的抗菌靶标.本研究围绕金黄色葡萄球菌ClpP开展分子动力学模拟研究，阐明了ClpP构象变化与水解功能关联的分子机制.在本研究中，基于合作者获得金黄色葡萄球菌ClpP(SaClpP)的两种晶体结构1：Extended伸展构型和Compressed构型，我们采用长时间分子动力学模拟分析了SaCl
【机 构】
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浙江理工大学生命科学学院,杭州 310018;中国科学院上海药物研究所药物设计与发现中心,上海 201203
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ClpP是细菌中关键的水解酶，负责维持细菌体内蛋白质的稳态，对维系细菌的致病力起着关键作用，因而成为一类新型的抗菌靶标.本研究围绕金黄色葡萄球菌ClpP开展分子动力学模拟研究，阐明了ClpP构象变化与水解功能关联的分子机制.在本研究中，基于合作者获得金黄色葡萄球菌ClpP(SaClpP)的两种晶体结构1：Extended伸展构型和Compressed构型，我们采用长时间分子动力学模拟分析了SaClpP的动态行为，阐明了SaClpP构象变化的具体路径和驱动力2.首先，发现SaClpP在这两种构象间的动态变化由R171_D170氢键网络和E137氢键网络所调控，前者可以稳定伸展的构象，后者负责稳定压缩的构象.进而，运用分子动力学模拟捕捉到了SaClpP在两种构象间转化的中间态Compact构型，该构型被合作者后续的晶体结构所证实.进一步，我们通过理论模拟预测了构象变化过程中的数个重要残基(如A140、E137等)，并为后期突变实验所证实.本研究阐明了SaClpP的动态调控机制.由于ClpP蛋白在不同细菌中高度保守，本研究的研究结果对ClpP家族其它成员的结构及机制研究具有重要的参考意义.
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